El edificio Alcázar albergó a principios del siglo XX a la primera Escuela Militar y, posteriormente, a la escuela de Suboficiales. Comenzó a ser construido en 1887, durante la administración del Presidente José Manuel Balmaceda y bajo la dirección del arquitecto Henry Víctor Villeneuve, edificio contemporáneo a grandes obras arquitectónicas que acogieron a instituciones públicas de la ciudad de Santiago y erigidos en el marco de la preparación del Primer Centenario de la Independencia de Chile.
El edificio Alcázar, fue declarado Monumento Histórico, por el Decreto 722 del 25 de octubre de 1990, el cual está protegido por la Ley Nº 17.288 de Monumentos Nacionales pasando a formar parte del conjunto urbanístico patrimonial de Santiago, correspondiente al circuito patrimonial llamado Barrio Dieciocho.
En el año 1995, el alto mando del Ejército, dispuso que en él se acogiera al futuro museo de la institución, el Museo Histórico y Militar, fue inaugurado el 25 de noviembre de 1997. En febrero del año 2000 un incendio dañó parte de la edificación. Se dispuso entonces su restauración, siendo reinaugurado el 1 de septiembre de 2003, con una moderna e innovadora propuesta museológica.
