Con el tema que abrió el ciclo de Coloquios Copiapó que realiza la Sociedad de Microbiología de Chile (SOMICH) junto a las Facultades de Ciencias de la Salud (FACSAL) y Medicina (FACMED) de la Universidad de Atacama.
El académico de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile y presidente de la SOMICH, Dr. Fernando Valiente Echeverría fue el encargado de abrir el ciclo de Coloquios Copiapó, con la charla ‘SARS-CoV-2 en Chile, ¿Qué hemos aprendido estos 15 meses?’, en la que compartió sus reflexiones sobre los aprendizajes que ha recogido la comunidad científica acerca de la Pandemia COVID-19 desde el inicio de la crisis sanitaria y hacia donde apunta la mirada científica en el futuro.
El evento realizado online, fue organizado por las académicas Dra. María José Gallardo Nelson y Dra. Erica Castro Inostroza de las facultades de Medicina y Ciencias de la Salud respectivamente. El primer coloquio contó además con la presencia del Decano de FACSAL, Mg. Pablo Castro Pastén y el director del Departamento de Medicina de la Universidad de Atacama, Dr. José Pino Reyes.
En su presentación, Valiente, junto con agradecer a los organizadores de la actividad, recordó que “la Sociedad de Microbiología de Chile, en conjunto con la Sociedad de Bioquímica y Biología Molecular de Chile, el 31 de enero del 2020, escribieron una carta abierta a los ministerios de Ciencia, de Salud y al ISP para ofrecer su asesoría y apoyo con expertos para enfrentar a la incipiente pandemia”.
Articulación para Enfrentar la Pandemia
Remontándose a la génesis de la red que permite a Chile hacer frente a la Pandemia, Fernando Valiente -por entonces vicepresidente de SOMICH- indicó que, en una reunión con representantes del Ministerio de Ciencia y el Ministerio de Salud se evaluaron distintas estrategias conjuntas para hacer frente a este desafío de salud pública. “Una de las ideas, fue crear una Red de Laboratorios Universitarios que apoyara en el diagnóstico molecular del SARS-CoV-2”, esfuerzo que más tarde, gracias a la articulación de los expertos en diferentes lugares de Chile, pudo consolidarse en la Red de Laboratorios Universitarios que existe actualmente”, puntualizó el Dr. Valiente.
Asimismo el experto agregó que la labor de analizar el patógeno, requería de equipamientos, insumos y recursos humanos especializados, dadas las singularidades del virus. Además su detección requiere de una cadena de bioseguridad, que a lo largo de estos 15 meses fue complejizándose y automatizándose, incrementando su eficiencia en el diagnóstico.
“Cuando comenzamos no había nada estandarizado, había muchísimas tomas de muestra y la extracción del RNA podía ser manual, en columnas individuales y después se fue acoplando en placas de 96, lo cual acelera el proceso, pero había que ser más cuidadosos, dada la contaminación que se podía producir”, aseguró el virólogo molecular.
Actualmente la red cuenta con extractores de ARN (ácido ribonucleico) automatizados “que generalmente están en los servicios de salud (UDA cuenta con uno de estos equipos), pero gran parte de los laboratorios de las universidades realizan las extracciones de forma manual, porque no son en grandes volúmenes. Aquí hubo una mezcla de diferentes formas de extracción que se tuvieron que poner a punto”, puntualizó el académico de la Facultad de Medicina de la Casa de Bello.
Vigilancia Genómica
Junto con destacar la importancia de preferir el uso de mascarillas certificadas y que las personas mantengan medidas de distanciamiento, como medida esencial de salud pública individual; y en la misma medida el Ministerio de Salud promueva la estrategia de Testeo, Trazabilidad y Aislamiento, el Dr. Valiente recalcó la relevancia de mantener una estricta vigilancia genómica.
La vigilancia genómica consiste en la detección de mutaciones en el genoma viral, a través de la secuenciación que, “debe cumplir con ciertos criterios epidemiológicos, en el que es importante la calidad de la muestra, la cual debe estar en medio de transporte viral o PBS, un CT<25 (Umbral del ciclo -Cycle threshold) y la muestra tiene que haber sido almacenada máximo durante tres días a 4ºC”, expresó el científico.
Fernando Valiente explicó que “se puede secuenciar desde el ARN ya extraído en el proceso de diagnóstico o desde la muestra clínica obtenida del hisopado nasofaríngeo. Esto entra en un proceso de secuenciación, en el cual el primer paso es la síntesis del DNA complementario, el cual lleva de cuatro a cinco horas. Después se preparan las bibliotecas, las que pueden utilizar diferentes tecnologías y esto se lleva al secuenciador”.
Cabe señalar que “no sale a costo hacer sólo una muestra, sino que se necesita un volumen para llevar a cabo la secuenciación, posteriormente se necesita descifrar lo que dicen esas letras y ese análisis de datos puede tardar horas, días o semanas”, acotó el expositor.
El presidente de la SOMICH añadió que la secuenciación les permitió primariamente saber que la pandemia comenzó con el linaje A, que cambió tempranamente en la evolución del virus al linaje B, “el cual fue solamente una mutación (D614G) y de ahí se generaron todas las mutaciones que nos llevaron a identificar los diferentes linajes, ya sea el B.1.351 (Beta -Sudáfrica) ó el B.1.1.7 (Alpha – Kent) o el P.1 (Gamma – Brasil)”.
Resistencia Inmunológica
El doctor en virología molecular advirtió que se ha detectado una mutación que resiste los anticuerpos: “Lo importante a considerar es que hay una mutación que se repite en muchos de ellos -E484K-, que está asociada a la resistencia de anticuerpos, por lo que es muy importante ver si esta mutación empieza a fijarse en un territorio en particular”.
El Dr. Valiente Echeverría afirmó que la vigilancia genómica “nos va a permitir comprender la afinidad que tiene la proteína viral sobre el receptor celular, cómo tiene implicancia en la entrada viral y en la evasión del sistema inmunológico, para después poder mirar la manifestación clínica. La patogénesis que tiene esta mutación en ese virus en particular y cómo se comporta en el individuo, para posteriormente entender cómo es la transmisión y la proporción de fatalidad. Cada uno de estos pasos debe ir concatenado para dilucidar lo que está sucediendo”.
Variantes de Preocupación
Respecto a lo que hoy inquieta a la comunidad científica, a las autoridades sanitarias y asistenciales, Fernando Valiente explicó que “las variantes de preocupación están distribuidas a lo largo del planeta como la Alfa (UK) o la Beta (Sudáfrica), Gamma (Brasileña) y la Delta (India). *En la gráfica se puede apreciar cómo es la aparición de las variantes y cómo también van desapareciendo.
La vigilancia genómica permite la trazabilidad del virus: “Tengo que destacar que hoy el 50% de las muestras depositadas son originarias de UK y EEUU y hay un 50% que se reparte en el resto del mundo. Lo relevante es ver cómo hay desplazamiento de ciertas variantes en el mismo territorio”.
“Los estudios nos han llevado a saber que el virus original de Wuhan tenía una capacidad de transmisión de 2.5 personas (un individuo podía infectar a 2.5 personas), sin embargo la variante Alfa es mucho más transmisible (4.5) y esta variante Delta es (5.8), que sea más transmisible, no necesariamente significa que es más letal. Ahora si tenemos un sistema de salud colapsado o más precario, si registrásemos más infectados, lo más probable es que pueda tener mayor fatalidad, pero no porque sea más letal”, reflexionó el presidente de SOMICH.
Finalmente el académico expresó también que “una de las problemáticas es mantener fronteras abiertas en donde ingresan individuos que pueden venir infectados, ya sea por aire, tierra o mar; teniendo varios pasos fronterizos, hay que estar vigilándolos todos”. Es importante saber cuales son las variantes que circulan en Chile, acotó.
“Al 30 de junio, podemos ver que hay dos linajes mayoritarios el Gamma y el C37 (Lambda), es importante recalcar esto porque en enero se hablaba de la variante Alfa, la cual finalmente llegó, pero tempranamente en abril comenzó a ser desplazada por las otras dos variantes. Por esto es importante tener esta vigilancia” enfatizó el Dr. Valiente.
